Je te réponds pour le plip, oui, on peut l'installer après, c'est juste un petit boitier à installer sous la selle.
Je pense qu'il coute quelque chose comme 55 euros.

Pour les bruits de plastique, je ne peux pas diagnostiquer à distance mais le satelis est critiqué pour la qualité de ses plastiques et son assemblage approximatif (critiqué par moi )
Il y a aussi la visière des compteurs qui peut produire un bruit de plastique lors des chocs. Certain ont mis un bout de mousse entre la visière et le cerclage chromé des compteurs.

La secousse au niveau des freins est étrange, moi je penserais à un disque voilé... Mais je suis toujours trop pessimiste. C'est les deux freins?

Pour le rodage, tu trouveras sur le net. Mais pour un scooter, la vitesse est quasiment synonyme de régime moteur (sauf à l'accélération).
Je te conseillerais d'y aller très mollo les 500 premiers kilomètres et mollo jusqu'à 1000km.